Святитель Николай родился во второй половине III века в городе Патары, области Ликии в Малой Азии. Родители его Феофан и Нонна были из благородного рода и весьма зажиточны, что не мешало им быть благочестивыми христианами, милосердными к бедным и усердными к Богу.
До глубокой старости они не имели детей; в непрестанной горячей молитве они просили Всевышнего дать им сына, обещая посвятить его служению Богу. Молитва их была услышана: Господь даровал им сына, который при святом крещении получил имя Николай, что значит по-гречески — “побеждающий народ”. Уже в первые дни своего младенчества святитель Николай показал, что он предназначен на особое служение Господу. Сохранилось предание, что во время крещения, когда обряд был очень длительным, он, никем не поддерживаемый, простоял в купели в продолжение трех часов. С первых же дней святитель Николай начал строгую подвижническую жизнь, которой остался верен до гроба.
Все необычное поведение ребенка показало родителям, что он станет великим Угодником Божиим, поэтому они обратили особое внимание на его воспитание и постарались, прежде всего, внушить сыну истины христианства и направить его на праведную жизнь. Отрок вскоре постиг, благодаря богатым дарованиям, руководимый Святым Духом, книжную премудрость. Успевая в учении, отрок Николай успевал также и в благочестивой жизни. Его не занимали пустые беседы сверстников: заразительный пример товарищества, ведущий к чему-либо худому, ему был чужд.
Избегая суетных греховных развлечений, отрок Николай отличался примерным целомудрием и избегал всяких нечистых помыслов. Почти все время он проводил в чтении Священного Писания, в подвигах поста и молитвы. К храму Божию питал такую любовь, что проводил там иногда целые дни и ночи в богомысленной молитве и чтении божественных книг.
Церковь Святого Николая Чудотворца во Владычной слободе принадлежит к древнейшим по времени построения церквям города Вологды. Каменный храм был построен в 1669 году. Местность, в которой он находится, получила название по принадлежности до 1649 года Вологодскому Архиерейскому Дому (Владыке). Владычненские крестьяне характеризовали собственное положение так: «Мы живем не на пашне, а промышляем торжком».
Николаевская во Владычной слободе церковь была восьмым каменным храмом города, но поскольку церкви Иоанна Предтечи и Знамения Божией Матери в Дюдиковой пустыни, храмы Свято-Духова монастыря и Кирилло-Иоанно-Богословская Семинарская церковь на Соляном дворе, имеющие более раннее происхождение, до настоящего времени не сохранились, это храм становится третьим по древности из сохранившихся в городе памятников каменного зодчества, после Софийского собора и холодной церкви Дмитрия Прилуцкого на Наволоке.
Архитектурные формы храма частично изменены позднейшими перестройками, однако он сохранил свою прежнюю монументальность, что в целом было характерно для вологодских церквей середины XVII века, во многом подражавших еще кафедральному Софийскому собору.
Г. Лукомский так описывал храм: "Церковь св. Николая во Владычной слободе представляет собою очень высокий куб, увенчанный пятью, тесно и красиво по композиции поставленными, куполами. Хороши формы блестящих, упругих, луковичных глав, барабаны убраны, как и в Иоанновской церкви в Дюдиковой пустыни, арочным поясом, поддерживающимся колонками, перехваченными по середине гирьками". В деталях обработки фасадов куба заметно стремление к декоративизму, выраженное особенно ярко в больших закомарах, отделенных от стен карнизом. Здесь еще в начале XX века помещали живописные клейма с изображением двунадесятых праздников. Стенной живописью были также украшены входы в верхний храм. Примыкающая к церкви с западной стороны трапезная связывает храм с изящной ярусной колокольней, выстроенной в середине XVIII века и выглядящей контрастно по отношению к церкви. Ее стройный изящный столп состоит из четверика, высокого восьмигранного яруса со звоном и двух небольших, поставленных друг на друга восьмериков, завершенных главкой. Подобные ярусные колокольни, пришедшие в XVIII веке на смену древнерусским шатровым, были весьма характерны для архитектуры Вологды, а также других северных городов России того времени. Самый тяжелый колокол на колокольне весом 2 тонны отлил в 1782 году в Москве мастер Асан Струговщиков.
Интересна сохранившаяся алтарная часть подклетного этажа, сильно выдающаяся к востоку и заканчивающаяся двумя полукружиями апсид - прием, встречающийся в ряде вологодских храмов (церкви Константина и Елены, теплая Дмитрия Прилуцкого (Успения Божией Матери)).
Интерьер Никольского храма был интересен своей барочной отделкой, частично сохранившейся и сейчас. Стенную роспись заменяла богатая орнаментальная лепка, покрывающая церковные своды, арки и столбы. Истинным украшением церкви был великолепный иконостас в стиле Людовика XVI, удачно сочетавший в себе живопись, скульптуру и искусную деревянную резьбу.
В 1781 году приход Николаевской церкви был третьим по величине в Вологде и включал в себя 72 двора. В 1892 году он занимал уже второе место в городе с численностью прихожан 847 человек.
В феврале 1930 года колокола сняли, храм закрыли. Первоначально в нем поселили высланных из средней и южной части СССР "кулаков", затем в здании храма, лишившегося купольного завершения, действовал завод игрушек и валенная фабрика. В начале 1990-х годов при церкви была создана община, постепенно начался сбор средств на ее восстановление. Во время реставрации храма Николая Чудотворца были установлены новые купола, появилась новая кирпичная кладка внутри помещения, - многое прежде разрушенное пришлось восстанавливать заново.
Сегодня в Николо Владычненском храме покоятся мощи Святителя Антония, епископа Вологодского и Великопермского (1585-1588 гг.), перенесенные из Софийского собора 26 сентября 1998 года. В настоящее время храм Николая Чудотворца во Владычной слободе-один из наиболее известных приходских храмов города!